Bocskai István mozgalmát (1604–1606) tanulmányok sora vizsgálja a protestáns vallásszabadság, a rendi jogok védelme, a hajdúk felkelése szempontjából.
Abban többnyire egyetértenek, hogy a Habsburg-ellenes rendi mozgalom I. Rudolf magyar király (1576–1608) ellen irányult, de jelentősen eltérnek abban, hogy mi számít Bocskai legfőbb eredményének: Erdély „török oltalom” alá való visszahelyezése, vagy a tízezer hajdú kiváltságának biztosítása, netán a vallásszabadság kivívása, vagy éppenséggel a Magyar Királyság rendiségének megerősítése?
Pállfy Géza tanulmánya a szabadságharc kifejezés mellé kérdőjelet tesz. Érvelése szerint a magyar állam és a Habsburgok 1526-tól 1918-ig tartó közös történetét a magyarországi tudományos szocializmus tette a magyarság nemzeti függetlenségi küzdelmének terepévé a „német elnyomókkal”, az „osztrák gyarmatosítókkal” és az „imperialista” Habsburgokkal szemben. A Hősök terén álló magyar királypanteon Habsburg uralkodóinak (I. Ferdinánd, III. Károly, Mária Terézia, II. Lipót és Ferenc József) szobrait ekkor Bocskai István, Bethlen Gábor, Thököly Imre, II. Rákóczi Ferenc és Kossuth Lajos alakjaira cserélték ki. Végeredményben ez az értelmezés került be történelemtankönyveinkbe is, a rendszerváltás óta kiegészülve a ‘nemzeti’ jelzővel.
Pállfy tanulmányában regionális vizsgálatok tanulságaira támaszkodva eleveníti fel a fejedelem és a rendek együttműködésének korántsem harmonikus epizódjait. Megállapítása szerint a törökpárti erdélyi nemesek kelepcébe csalták Bocskait, amikor a korábban Habsburg-párti főúr titkos török szövetségkeresését nyilvánosságra hozták. Bocskai védekezésképpen hívta segítségül a vallásszabadságuk és elmaradt zsoldjukért biztosítását váró hajdúkat. A Habsburg hadvezetés és a magyar király ebben dezertálást látott.
Az Erdély korábbi oszmán vazallusságát visszaállítani törekvő, Habsburg-ellenes mozgalom 1604. október közepén egyesült a tiszántúli hajdúk kezdődő felkelésével. Az erőszakos ellenreformáció a gyakran egészen eltérő érdekekkel bíró felső-magyarországi szabad királyi városokat és a köznemességet fokozatosan egy táborba sodorta. Bocskai Kassán rendezte be székhelyét, kiáltványokban szólította csatlakozásra a régió nemeseit és városait. A protestáns köznemesi és városi polgári rendek pedig a hajdúfelkelését saját rendi kiváltságaik mellett a szabad vallásgyakorlás védelmére is felhasználták. A Budán tartózkodó Lala Mehmed nagyvezír (1604–1606) a főúr váratlan sikereit látva Magyarország királyának („Erdély vilájetje fejedelme és a magyar nép királya”) nevezte ki Bocskait, ellátva őt a szokásos oszmán beiktatási jelvényekkel (kaftán, süveg, zászló és buzogány). Bocskai az oszmánok erdélyi és kelet-magyarországi vazallusaként ellentmondásos helyzetben találta magát: egyszerre volt az erdélyi török-párt első embere, a felkelt tiszántúli hajdúk és a vallásszabadságért kűzdő felső-magyarországi rendek vezére és az oszmánok vazallusa.
Pállfy konklúziója szerint a történeti Magyarország középső területét 1541 óta megszállás alatt tartó török csapatok állandó támogatása miatt független magyar vagy erdélyi állam létrehozásáról, szabadságharcról, magyar nemzeti felkelésről szó sem lehetett. Bocskai legjobb esetben is csupán egy lazább „török oltalom” alatt álló kelet-magyarországi és erdélyi egységes államban reménykedhetett. 1605 márciusában Konstantinápolyba küldte Szapolyai János király egykori török szövetséglevelét és királyi koronát is kért a szultántól. Török katonai támogatással megvalósult erdélyi fejedelemmé választása és Magyarország fejedelmévé emelése egy erdélyi-kelet-magyarországi török befolyás alatt álló, új állam létrejöttét segítette elő. A Magyar Királyság rendiségének nagyobb és meghatározóbb része valójában nem vagy csupán átmenetileg támogatta Bocskait, s a „török oltalmat” a fejedelem katonai sikerei ellenére sem vállalta. Egyetlen magyar országos és rendi főméltóság sem csatlakozott Bocskaihoz, sőt a magyar végvidéki és kerületi főkapitányok, valamint köznemesi származású helyetteseik közül sem állt senki a fejedelem oldalára. Bocskai mellett álltak ki viszont Felső-Magyarország leggazdagabb arisztokratái (Homonnai Drugethek, Mágochyak, Perényiek, Rákócziak), a Tiszántúl módosabb birtokosai, az Északkelet-Magyarországon birtokos családtagok (Czobor, Dersffy, Széchy, Thurzó család). Vagyis 1605 nyarán a törvényes magyar király illetve a törökök által „a magyar nép királyának” tekintett fejedelem pártjára szakadt magyar rendek egymás elleni hadakozása, polgárháborúja volt megfigyelhető.
A történelemkönyveink által közvetített elképzeléssel ellentétben a Magyar Királyság rendiségének nagyobb része nem kívánt szakítani a Habsburg Monarchiával, nem támogatta Bocskai István (szabadságharcnak nem nevezhető) mozgalmát. A felkelés kedvező esetben is csupán Erdély mellett részben Magyarországra is kiterjedő török vazallus állam létrehozását eredményezte. A belháborúvá vált a rendi felkelés összességében arról is tanúskodik, hogy a Habsburg-udvar és a magyar politikai elit között a 16. században – a többszörös egymásrautaltság közepette és a kölcsönös lemondások dacára – igen szilárd kompromisszumrendszer jött létre. Többségük ugyanis tisztában volt a Magyar Királyság és Közép-Európa Habsburg tartományainak azon egymásrautaltságával, amelyet Illésházy István, Bocskai egyik legfőbb tanácsadója a hajdúk sikerei közepette, 1605 júniusában így fogalmazott meg: „Nekem fejemben nem fér: ha ma kivönné is az császár kezét Magyarországból, mint köllene az tótországi [vagyis szlavóniai], Dunán túl és innen való végházakat eltartani.” A magyar rendek és a bécsi udvar első fegyveres összeütközését 1606 júniusában Illésházy István, a későbbi nádor által tető alá hozott bécsi béke zárta, amely hosszabb időre kompromisszumot teremtett a rendek és az udvar között. Bocskai a hajdúkérdés súlyosbodó problémáját 1605–1606-ban Szabolcs és Bihar megyékben mintegy 10000 hajdú kollektív kiváltságokkal történő letelepítésével oldotta meg.